La collection de la Grande Loge a été lancée par les premiers maçons de Californie au 19ème siècle. Malheureusement, de nombreux documents historiques - y compris des registres détaillés des membres - ont été détruits lors du tremblement de terre et de l'incendie de San Francisco en 1906. Dans les années qui ont suivi, la collection a été reconstruite, principalement grâce aux dons des membres et de leurs proches. Aujourd'hui, son emplacement à l'intérieur du California Masonic Memorial Temple à San Francisco contient environ 800 tabliers; objets rituels et bijoux; une collection de livres rares, comprenant les premières éditions des premiers textes maçonniques ; une importante collection biblique (la plus ancienne datant de 1599) ; une importante collection de partitions et de recueils de chansons; et même un orgue. Il abrite également une vaste composante d'archives, contenant des manuscrits, des lettres, des livres de grand livre et même des journaux.

« Dans ces documents se trouve l'histoire d'une communauté », explique Joseph Evans, responsable des collections. "En tant qu'œuvre totale, ce matériel révèle les histoires qui composent la franc-maçonnerie dans tout l'État."

L'une de ces histoires est celle du juge en chef de la Cour suprême des États-Unis, Earl Warren, qui a dirigé certaines des décisions les plus historiques de ce pays, notamment Brown c. Board of Education of Topeka, qui a jugé inconstitutionnelle la ségrégation raciale dans les écoles publiques. En 1935, avant d'être gouverneur de Californie et à la Cour suprême, Warren était grand maître des maçons en Californie. La collection du musée comprend une partie de sa correspondance, des agendas et d'autres écrits. Il abrite également des objets personnels de célèbres Californiens tels que Charles Crocker et Leland Stanford - deux des géants du chemin de fer "Big Four". Comme le souligne Evans, presque tous les premiers Californiens éminents étaient également des francs-maçons.

La collection s'étend également au-delà de la Californie. Cela est particulièrement vrai de ses tabliers maçonniques, dont beaucoup sont originaires de France, d'Angleterre, d'Écosse et de tous les États-Unis. Certains remontent au milieu des années 1700, et l'un appartenait au célèbre explorateur Davy Crockett, vers 1820. La collection d'insignes du musée comprend des épées et des capes des commanderies des Templiers et des fez Shriner, ainsi que des truelles, des pichets, des tasses et des ustensiles en relief avec Symboles maçonniques.