La colección de la Gran Logia fue iniciada por los primeros masones de California en el siglo XIX. Desafortunadamente, muchos materiales históricos, incluidos registros detallados de membresía, fueron destruidos en el terremoto e incendio de San Francisco en 19. En los años posteriores, la colección se ha reconstruido, principalmente a través de donaciones de miembros y sus familiares. Hoy, su ubicación dentro del Templo Conmemorativo Masónico de California en San Francisco contiene alrededor de 1906 delantales; objetos rituales y joyas; una colección de libros raros, incluidas las primeras ediciones de los primeros textos masónicos; una gran colección bíblica (la más antigua data de 800); una importante colección de partituras y cancioneros; e incluso un órgano. También alberga un extenso componente de archivo, que contiene manuscritos, cartas, libros de contabilidad e incluso diarios.

“Dentro de estos documentos está la historia de una comunidad”, dice el Gerente de Colecciones Joseph Evans. “Como cuerpo total de trabajo, este material revela las historias que conforman la masonería en todo el estado”.

Una de esas historias es la del presidente del Tribunal Supremo de los Estados Unidos, Earl Warren, quien encabezó algunas de las decisiones más históricas de este país, incluida Brown v. Board of Education of Topeka, que declaró inconstitucional la segregación racial en las escuelas públicas. En 1935, antes de servir como gobernador de California y en la Corte Suprema, Warren fue gran maestro de masones en California. La colección del museo incluye parte de su correspondencia, agendas y otros escritos. También alberga artículos personales de californianos tan famosos como Charles Crocker y Leland Stanford, dos de los gigantes del ferrocarril "Big Four". Como señala Evans, casi todos los primeros californianos prominentes también eran masones.

La colección también se extiende más allá de California. Esto es especialmente cierto en el caso de sus delantales masónicos, muchos de los cuales se originaron en Francia, Inglaterra, Escocia y en todo Estados Unidos. Algunas datan de mediados de 1700 y una perteneció al famoso explorador Davy Crockett, alrededor de 1820. La colección de insignias del museo incluye espadas y capas de las comandancias de los Caballeros Templarios y fezzes de Shriner, así como palas, jarras, tazas y utensilios grabados con símbolos masónicos.